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遺伝子情報解析システム　Genetic Information Analysis System

（ゼネティックス　GENETYX for Win & Mac）

• 用途の大要
• 仕　様
• 動作環境（端末条件）
• ソフトウェア構成
1. 情報解析ソフト　GENETYX（入力・編集｜解析）
2. 外部アプリケーション（PlasDraw, ATSQ/ATGC, HarrPlot, Genetyx-Tree）
3. データベース検索ソフト　GENETYX-SV/DB(C) (for Mac only)
• 利用方法と使用上の注意（登録｜ソフトウェアの取得｜ライセンス）
• 利用料金
• 管理担当者

【用途の大要】

　核酸の塩基配列およびタンパク質のアミノ酸配列関連の情報解析、配列データベースを利用した相同性検索等が、学内ＬＡＮに接続された研究室の端末（Macintosh または Windows）から迅速かつ容易に処理可能なシステムです。

【仕　様】

平成24年度より、システムは、従来の「クライアント-サーバー版」から「ネットワーク版」に移行しました。

〈端末条件（動作環境）〉

　GENETYX（情報解析ソフト）

【Windows】

【Macintosh】

〈ソフトウェア構成〉

1. GENETYX　情報解析ソフト

   ここにあるのは導入初期の情報です。最新情報は、メーカーサイトでご確認下さい。

   【配列入力・編集】

   • 複数配列のマルチウインドウ編集／複数並列編集
   • 配列読み合わせ
   • 相補鎖配列作成

   【配列解析】

   • マルチアライメント／マキシマムマッチング
   • ホモロジー比較／分子進化系統樹作成／ハープロット解析
   • 二次構造予測
   • 塩基配列-アミノ酸配列　翻訳・逆翻訳
   • 制限酵素認識部位検索／地図作成（核酸）
   • PCR プライマー検索（核酸）
   • プラスミド作画（核酸）
   • フラグメント結合（核酸）
   • 親水性・疎水性領域解析／等電点予測（タンパク質）
   • その他通常の解析ソフトが持つ機能

2. GENETYX 付属外部アプリケーション

   • PlasDraw：　プラスミド地図作成
   • ATSQ or ATGC (Win v.10)：　シーケンスアセンブリ
   • HarrPlot：　ハープロット（ホモロジーのドットマトリックス表示）
   • Genetyx-Tree：　進化系統樹表示／編集

3. GENETYX-SV/DB(C)　データベース検索ソフト

   • 当サーバーでのデータベースの提供は、平成９年度で終了しました。
     インターネットにより外部サーバーを利用して下さい。
     参考として国内外の代表的なサーバーを紹介します。
     
   • 平成28年現在、上の１の解析ソフトが NCBI BLAST と Entrez 検索をサポートしています。

【利用方法と使用上の注意】

• 利用には登録端末と研究室固有のパスワードが必要です。
  利用希望者は、別記の「利用申請方法」をご覧のうえ、端末登録書を E-mail で提出して下さい。
• ソフトウェアは、各自でサーバーから取得し、インストールして頂きます。
  別記「ソフトウェアの入手方法とインストール方法 （杉谷専用）」を確認してください。
• 同時接続のライセンス数が限定されていますのでご注意下さい。
  ・ネットワーク版：　Win、Mac 合わせて４
  
  • 不要な継続は他の利用者に迷惑をかけますので、できるだけこまめに終了して下さい。
    
  • 外部アプリケーション（PlasDraw, ATSQ/ATGC, HarrPlot, Genetyx-Tree）にライセンス数制限はありません。
    GENETYX を立ち上げずに、それぞれを単独で立ち上げて下さい。
• 平成23年度末、サーバーシステムが更新されました。（「クライアント・サーバー版」から「ネットワーク版」へ）
  • サーバーのアドレスは両版で異なります。
    「ソフトウェアの入手方法とインストール方法 （杉谷専用）」で確認してください。
  • 平成27年度末日をもって「クライアント・サーバー版」は停止しました。
• GENETYX 使用中にソフトウェアを強制終了したり、端末がハングアップした場合、サーバーにジョブが残り、ライセンスを使用し続ける可能性がありますので、必ず管理担当者にメール連絡して下さい。

【利用料金】

• 平成22年度より課金されています。料金表（学内限定）をご覧下さい。
  （サーバーシステムの更新に伴い、平成24年度に料金が改定されました。）

【管理担当】

• 西尾和之（内線 7176，E-mail: nishio 続けて @cts.u-toyama.ac.jp）