ホーム> 設置機器> 生化学系機器|2階> 分光分析室(2)> 分子構造解析ワークステーション

分子構造解析ワークステーションシステム

(SGI Octane / Molecular Simulations Insight II)

photo

【目次】


【用途の大要】

 低分子有機化合物をはじめ、蛋白質、核酸、糖などの生体分子の構造化学計算を行い、結果をグラフィックス表示することができる。

【仕様・構成】

[グラフィックスワークステーション]

本体:OCTANE / SI, R10000 (Silicon Graphics, Inc.)
CPU:MIPS R10000 Processor Chip Revision: 2.7
OS:IRIX 6.4
ハードディスク:9 GB + 4 GB = 13 GB
メインメモリー:256 MB
付随記憶装置:DAT drive(4 mm 4GB DDS3)

[カラープリンタ]

ColorPoint 1830PSJ (Seiko Instruments Inc.)
昇華式、溶融式 両用
用紙サイズ:A4 ロング、A3 ロング
印刷スピード:213 秒 / A3 ロング(三色)

[ソフトウェア]

Insight II (Molecular Simulations, Inc.)
 以下のすべてのモジュールの基本となるグラフィックスユーザインタフェース
  1. Discover:MM, MD 計算を行うための simulation engine
  2. Sketcher:低分子を二次元で入力して三次元で分子の構築、修正
  3. Search / Compare:低分子のコンフォメーション解析
  4. Biopolymer:蛋白質、核酸、糖の三次元構築、修正
  5. Homology:蛋白質のモデリング、立体構造既知の蛋白質を基に立体構造予測(自動)
  6. Modeler:蛋白質のモデリング、立体構造既知の蛋白質を基に立体構造予測(手動)
さらに、モジュールを補充すれば、薬理活性作用部位や受容体、酵素の相互作用部位での de novo のリガンド設計(Apex-3D or Ludy)、NMR スペクトルデータの処理や解析(NMR Pipe or Felix)、生体高分子の静電ポテンシャル、溶媒和エネルギーの計算(DelPhi)などの機能を拡張することができる。

目次

【利用方法と使用上の注意】

  1. モニター画面が真っ暗な場合は、マウスを少し動かす。
  2. スタンバイの画面が現われ、いくつかのアカウントのアイコンが表示されている ので、"guest" のアイコンをダブルクリックする。
  3. password に利用登録者に連絡済みのパスワードを入力し、Enter を押す。
    画面が変わり、左上に "Toolchest" が現われる。
  4. "Toolchest" の下の "Desktop" の中の "Open Unix Shell" を選択する。
    winterm のウィンドウが現われるので、マウスの赤矢印を、この青いウィンドウの中において、" insightII "と入力し、 Enter を押す。
    insight II が立ち上がり、insight II(97.1):Viewer のウィンドウが画面いっぱいに自動的に開く。

        〜〜〜〜〜 自由に操作する 〜〜〜〜〜

  5. 作業終了後は、insight II(97.1):Viewer のウィンドウの左上角から "Exit" を選択し、確認の "OK" をクリックすれば insight II(97.1):Viewer のウィンドウが消える。
  6. winterm のウィンドウも同様に、左上角から "Exit" を選択して閉じる。
  7. "Toolchest" の下の "Desktop" の中の "Log Out" を選択し、確認の "Yes" をクリックすると、最初の(スタンバイ)画面へ戻ります。
  8. これで終了です。電源は切らずにそのままにしておいて下さい。

目次

【利用料金】

【管理担当】

目次


暫定改訂(3/16/2009)  生命科学先端研究支援ユニット 分子・構造解析施設(旧実験実習機器センター)