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分子構造解析ワークステーション
分子構造解析ワークステーションシステム
(SGI Octane / Molecular Simulations Insight II)
【目次】
低分子有機化合物をはじめ、蛋白質、核酸、糖などの生体分子の構造化学計算を行い、結果をグラフィックス表示することができる。
[グラフィックスワークステーション]
- 本体:OCTANE / SI, R10000 (Silicon Graphics, Inc.)
CPU:MIPS R10000 Processor Chip Revision: 2.7
OS:IRIX 6.4
ハードディスク:9 GB + 4 GB = 13 GB
メインメモリー:256 MB
付随記憶装置:DAT drive(4 mm 4GB DDS3)
[カラープリンタ]
- ColorPoint 1830PSJ (Seiko Instruments Inc.)
昇華式、溶融式 両用
用紙サイズ:A4 ロング、A3 ロング
印刷スピード:213 秒 / A3 ロング(三色)
-
- Insight II (Molecular Simulations, Inc.)
以下のすべてのモジュールの基本となるグラフィックスユーザインタフェース
- Discover:MM, MD 計算を行うための simulation engine
- Sketcher:低分子を二次元で入力して三次元で分子の構築、修正
- Search / Compare:低分子のコンフォメーション解析
- Biopolymer:蛋白質、核酸、糖の三次元構築、修正
- Homology:蛋白質のモデリング、立体構造既知の蛋白質を基に立体構造予測(自動)
- Modeler:蛋白質のモデリング、立体構造既知の蛋白質を基に立体構造予測(手動)
さらに、モジュールを補充すれば、薬理活性作用部位や受容体、酵素の相互作用部位での de novo のリガンド設計(Apex-3D or Ludy)、NMR スペクトルデータの処理や解析(NMR Pipe or Felix)、生体高分子の静電ポテンシャル、溶媒和エネルギーの計算(DelPhi)などの機能を拡張することができる。
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- モニター画面が真っ暗な場合は、マウスを少し動かす。
- スタンバイの画面が現われ、いくつかのアカウントのアイコンが表示されている
ので、"guest" のアイコンをダブルクリックする。
- password に利用登録者に連絡済みのパスワードを入力し、Enter を押す。
画面が変わり、左上に "Toolchest" が現われる。
- "Toolchest" の下の "Desktop" の中の "Open Unix Shell" を選択する。
winterm のウィンドウが現われるので、マウスの赤矢印を、この青いウィンドウの中において、" insightII "
と入力し、 Enter を押す。
insight II が立ち上がり、insight II(97.1):Viewer のウィンドウが画面いっぱいに自動的に開く。
〜〜〜〜〜 自由に操作する 〜〜〜〜〜
- 作業終了後は、insight II(97.1):Viewer のウィンドウの左上角から "Exit" を選択し、確認の "OK" をクリックすれば insight II(97.1):Viewer のウィンドウが消える。
- winterm のウィンドウも同様に、左上角から "Exit" を選択して閉じる。
- "Toolchest" の下の "Desktop" の中の "Log Out" を選択し、確認の "Yes" をクリックすると、最初の(スタンバイ)画面へ戻ります。
- これで終了です。電源は切らずにそのままにしておいて下さい。
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- ColorPoint 1830PSJ による印刷代を校費振替で徴収します。
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暫定改訂(3/16/2009)
生命科学先端研究支援ユニット 分子・構造解析施設(旧実験実習機器センター)